按《四庫全書》的編纂，文津閣本是北方四閣本最後一部抄成的，且距第一部文淵閣本成書有三年之久，這其中當會有所正補，《四庫全書》在成書後，曾作過兩次全面復查，而這兩次復查的起因都是從文津閣本開始的。乾隆五十二年(1787)五月，清高宗在承德避暑山莊，於消閑時翻檢此書，發現有訛誤，於是下令全面復查。五十六年(1791)七月，高宗在避暑山莊又發現已經復查的文津閣本，揚雄《法言》卷一首篇竟有空白二行，大為生氣，又再次下令全面復查。而這兩次復查，文津閣本都是由總纂官紀曉嵐(昀)親自帶領有關人員進行的。
　　除北方四閣本外，乾隆又下令再抄寫三份全書，分別庋藏於揚州文匯閣、鎮江文宗閣、杭州文瀾閣。應當說，這七部書，保存最穩妥的還是文津閣本。正因如此，也就引起重視，其他三閣本曾分別據文津閣本加以抄補。如1917年，時尚貯存於清內務府的文淵閣本，經檢查，有9種書缺佚，共缺23卷，就據文津閣本補抄。1934年，藏於沈陽的文溯閣本，也發現有缺卷，就特地派人到北京，據文津閣本補抄了《揮麈錄》等三書。至於杭州文瀾閣，被毀後則據文津閣本補了更多。可見文津閣本在歷史上已起了相當大的文獻補輯作用。也正因如此，20世紀前期，文津閣本就受到學者的重視。1920年，前輩知名學者陳垣就曾親自對文津閣本進行清查，還細閱文津閣本所收書的提要，發現與《四庫全書總目提要》有不少差異，因此與幾位學者共同撰寫《景印四庫全書提要緣起》一文，建議將文津閣本的提要匯集影印出來。這可以說是提議影印文津閣本的首例，至今已有八十多年。
文津閣本以善本貯存於圖書館，不對外開放，一般研究者無法借閱，因此長時期來對文津閣本，只能仰而慕之，不能閱而研之。20世紀90年代初，國家圖書館研究員楊訥先生提議並主持了文淵閣《四庫全書》影印本與文津閣《四庫全書》原書核對錄異的工作，核對從集部開始，後由北京圖書館出版社出版《文淵閣四庫全書補遺(集部)》。據該書統計，文淵閣本集部共收書1273種，其中與文津閣本有差異的有788種，而宋代詩文集，文淵閣本失收、可據文津閣補入的，有1160條，涉及118種書。臺灣研究宋史的學者黃寬重，曾據此《補遺》一書，撰寫一文：《文津閣本宋代別集的價值及其相關問題》。黃氏仔細將《補遺》與影印文淵閣本核對，發現《補遺》也有疏忽，提出《補遺》所收的宋人詩文，實際上有些已收於文淵閣本，不過卷次不同，而為編者重復收錄。但他認為《補遺》所輯的大部分，確是文淵閣本所缺的，因此以為：“文津閣本宋代文集的部分，保留了不少各書作者個人生平事跡及詩文的評論資料，對研究各文集的作者提供了更為豐富的資訊；此外文中也保留許多對研究宋代史事有所助益的史料，顯示文津閣本的史料價值。”